1、产权关系不同。特许经营是独立主体之间的合同关系，各个特许加盟店的资本是相互独立的，与总部之间没有资产纽带；而直营连锁店都属于同一资本所有，各个连锁店由总部所有并直接运营、集中管理。这是特许经营与直营连锁最本质的区别。特许经营总部由于利用他人的资金迅速扩大产品的市场占有率，所需资金较少。相比之下，直营连锁的发展更易受到资金和人员的限制。

    2、法律关系不同。特许经营中特许人（总部）和被特许人（加盟店）之间的关系是合同关系，双方通过订立特许经营合同建立起关系，并通过合同明确各自的权利和义务。而直营连锁中总部与分店之间的关系则由内部管理制度进行调整。

    3、管理模式不同。特许经营的核心是特许经营权的转让，特许人（总部）是转让方，被特许人（加盟店）是接受方，特许经营体系是通过特许者与被特许者签订特许经营合同形成的。各个加盟店的人事和财务关系相互独立，特许人无权进行干涉。而在直营连锁经营中，总部对各分店拥有所有权，对分店经营中的各项具体事务均有决定权，分店经理作为总部的一名雇员，完全按总部意志行事。

    4、涉及的经营领域不完全相同。直营连锁的范围一般限于商业和服务业，而特许经营的范围则宽广得多，除商业、零售业、服务业、餐饮业、制造业、高科技信息产业等领域外，在制造业也被广泛应用。

    与直营连锁相比，特许经营是一种软件技术即知识产权（经营技巧、业务形式等）的许可，它不受资金、地域、时间等方面的限制，在同一时间可发展多家和在任何有消费者群的地域发展，并以低成本小风险的特征迅速扩张。可以说，特许经营是连锁经营发展到一定阶段的产物，是连锁经营的高级形式。

    虽然正在经营的直营连锁企业有一定的市场实践经验，从直营连锁到特许经营的实操性比较强，相对容易引导和过渡，但直营连锁与特许经营存在本质性的差别，对此要有明确的认识。

    一般来说，直营连锁只需要足够的资金、适合的业务类型和一定的经营管理经验和方法就可进行。而特许经营业务开展的基础是一整套经营模式或某项独特的商品、商标，因此规范化和标准化的特许经营管理体系是从事特许经营的基础，没有这套体系，直营连锁是没法向特许经营迈出实质性的一步。